ОПИСАНИЕ:
Тип Bacteroidetes Krieg et al., 2012
Названа по типовому роду Bacteroides (греч. bacteria — палка и eidos — вид; «микроорганизм, похожий на бактерию»).Тип грамотрицательных неспорообразующих анаэробных палочковидных бактерий, широко распространённых в окружающей среде, включая почву, ил, морскую воду, а также желудочно-кишечный тракт и кожу животных.
На настоящий момент наиболее изучены бактерии, принадлежащие к классу Bacteroidia, включающему род Bacteroides (организмы, многочисленные в экскрементах теплокровных животных, включая человека) и Porphyromonas (организмы, обитающие в ротовой полости человека).
Бактерии, входящие в род Bacteroides, являются оппортунистическими патогенами. Члены двух других классов редко являются причиной заболевания у человека.
РОДСТВО ТИПОВ BACTEROIDETES, CHLOROBI И FIBROBACTERES
Виды типов Bacteroidetes и Chlorobi располагаются очень близко на филогенетических деревьях, указывая на близкое родство. Используя сравнительный генетический анализ, были определены три белка, которые имеются только у типов Bacteroidetes и Chlorobi. Также были обнаружены консервативные таксонспецифичные инделы, подтверждающие общее происхождение этих двух типов. В дополнение к этому, было показано, что тип Fibrobacteres является родственным данным двум типам. Существование клады, состоящей из этих трёх типов хорошо подтверждается филогенетическим анализом, основанном на последовательности нескольких различных белков. Эти типы ответвляются от филогенетического дерева примерно в одной и той же позиции. И, наконец, наиболее весомыми доводами в пользу родственных связей являются два консервативных таксонспецифичных индела: в RpoC (бета-субъединице РНК-полимеразы) и серин гидроксиметилтрансферазе, а также один специфичный белок PG00081, которые разделяют все бактерии из этих трёх типов.Геномика
Сравнительный генетический анализ привёл к идентификации 27 белков, присутствующих у большинства организмов типа Bacteroidetes. Из них один белок был найден во всех секвестрированных геномах, в то время как ещё два — во всех, кроме бактерий рода Bacteroides. Отсутствие этих двух белков в данном роде скорее всего является результатом селективной потери. Кроме того, были найдены ещё четыре белка, присутствующие во всех видах Bacteroidetes кроме Cytophaga hutchinsonii (опять-таки благодаря выборочной потере генов). Ещё восемь белков присутствуют во всех секвестрированных геномах sequenced Bacteroidetes кроме Salinibacter ruber. Отсутствие этих белков может быть связано либо, опять-таки, с выборочной потерей, либо, поскольку S. ruber ответвляется от остального родословного дерева группы очень рано, эти белки могли появиться уже после отделения S. ruber. Был также найден консервативный таксонспецифичный индел (вставка или делеция) («сonserved signature indel», CSIs) для этой группы бактерий: делеция трёх аминокислот в шапероне ClpB присутствует во всех видах типа Bacteroidetes, кроме S. ruber. Эта делеция также найдена в одном из видов Chlorobi и одном виде архей, по всей видимости попав туда в результате горизонтального переноса генов. Эти 27 белков и делеция трёх аминокислот служат молекулярными маркерами для Bacteroidetes.Книги:
Микробиология - Биология прокариотов. Учебник, Том 1 (2006), А.В. Пиневич
Микробиология - Биология прокариотов. Учебник, Том 2 (2007), А.В. Пиневич
Микробиология - Биология прокариотов. Учебник, Том 3 (2009), А.В. Пиневич